Mesto Malacky má jedinečnú polohu na križovatke najvýznamnejších európskych systémov – železnica, diaľnica, letisko (BA), prístav (BA). Cestná štruktúra je výhodne prepojená na medzinárodnú. Priamo Malackami prechádza diaľnica z Bratislavy do Českej republiky smerom na Prahu. Autobusová a železničná stanica sa nachádzajú vedľa seba, od centra sú vzdialené 5 minút. Cestovné lístky si možno zakúpiť na železničnej či autobusovej stanici, prípadne vo vlaku alebo autobuse.
Malacky sú napojené na cestnú sieť cestami I. až III. triedy prechádzajúcimi jej územím. Prieťahom mesta v smere sever - juh prechádza cesta I/2, ktorá je súbežná s diaľnicou D2. V súčasnosti zabezpečuje prepravné vzťahy v cestnej doprave najmä v priestore medzi diaľničnými križovatkami Lozorno, Malacky a Kúty.
V záujmovom území mesta je ešte cesta III/50314 Kostolište – Gajary – štátna hranica s Rakúskom, ktorá sa končí práve na hranici, bez pokračovania na rakúsku stranu do jeho cestnej siete. Obdobná situácia je v Záhorskej Vsi, kde však prepojenie cesty II/503 s rakúskou cestnou sieťou zabezpečuje kompa. Vytvorené je pevné premostenie Moravy v priestore Moravského Svätého Jána. Devínsku Novú Ves a rakúsku obec Schlosshof spája cyklomost, ktorý vedie v trase historického mostu z čias Márie Terézie a slúži pre dopravu cyklistov, peších turistov a v nevyhnutných prípadoch vozidlám záchranných zložiek.
Cez mesto prechádza priamo dvojkoľajná elektrifikovaná železničná trať 110 Praha – Bratislava, ktorá je zaradená do V. transeurópskeho dopravného koridoru s predpokladanou návrhovou rýchlosťou 140 – 160 km/hod. Železničná stanica v Malackách je stanicou III. triedy. Trať sa tu rozvetvuje do 10 koľají, z ktorých 2 slúžia nákladnej doprave na nakládku a vykládku.
